塩基配列決定実験

 

スラブゲル電気泳動による塩基配列決定実験

2010年12月27日

ご連絡いただきありがとうございました。 私の理解するところでは、310では数検体だけの配列を決め、それをもとに仕事を進める、という場合には、便利なものです。一方で、3100ではできれば16検体で行うと良く、数検体というのは一般にはコストパフォーマンスが若干悪いと思われます。(レーザーの代金に比べてしまえば、たいした金額の差でもなさそうですが。) 検体数をまとめると仕事の効率がまったりしてしまうので望ましくない、という場合には310を持っておくのは良いことです。

年あたり30回から50回程度とすると、若干少なめとはいえ、まあ相当な回数なので、自分でいつでも使える機器を持っておくことはどちらかといえば有利だと思います。その都度の検体数によって、310があった方が良いかどうかが決まるでしょう。その都度の検体数が多ければ共用の3100がベターで、310を自分でもつのは余分な負担です。

一方、310を持つ、ということは310で塩基配列を決めることを自分でやる、ということを意味します。ので、先生ご自身が、しょっちゅう使うことで、しっかり活用してあげるようにすることが大切です。レーザーのついている器械は、レーザーが消耗品かつ100万円内外と高価なのが難点です。また、Y大学では塩基配列決定のサービス部門やテクニシャンを持っていません。基本的に自分で行うという状況のようです。(これに関しては、将来、サービス部門を作ろうという方向もあり得るとは思いますが、現状はこの通りです。)

判断のためのひとつのヒントとして、先生ご自身が、学生と一緒に塩基配列決定実験を行い、しっかり教えてあげて自分でも塩基配列決定できるように教育する、というのであれば310に関して自分たちのものを持っているのは良いことに思います。塩基配列のような基盤データを、学生にきっちり読ませる、というのは、研究の質によっては、とても大切で良い教育にもなり得ます。

対照的に、塩基配列決定は、ほんの時たまで、学生に教えても次回は時間が経ちすぎていて双方(すくなくとも学生は)やり方を忘れている、というのであれば、外注などの方が良いでしょう。ほんの時たま数検体であれば、レーザー代金に比べて外注の方が圧倒的に安いし、時間をほかの大切なところに使えます。自分で使う気持ちになれなければ、器械を持たないのが身軽です。

以上のようなところを考えて、先生の仕事の今後の性質から判断すると良いと思います。その上で、F先生と相談してみてください。

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ちなみに私自身は、1992年から数年間、ガラス板を磨いてゲルを流し、高圧の電気泳動、RIの32P、とても読みにくい塩基配列決定を自分でやっていました。たった600ベースを読むのも両方向、端からだけでは難しいことも多く、プライマー2本を余分に作製したこともあります。その作製も自分で器械を操作して作りました。さらにオートラジオグラフィーのパターンを読むのが読みづらくてまた難儀でした。私の弟子たちは、あからさまに?軒並みいやがって習おうとしないので、私が弟子のためにテクニシャンとなって実験し読んであげているという数年間でした。全部足し合わせてもたったの50kbほどに過ぎないのに、うまく読めない場所が多くて繰り返すことも多く、体力的にも気力的にも実に苦しい実験で、今から思うと、自分に対してマゾヒスチックだったかもしれません。

その数年後には、キャピラリの時代となり、私は器械を持っていなかったので、外注するようになりました。310や3100の時代になって、隔世の感があります。そして今は、310も実に旧式と見なされる時代かもしれません。レーザー切れなどで捨てられるのもむべなるかなです。

上記のようなスラブゲルによる塩基配列決定のためのパワーサプライや泳動槽を、S大には持ってきたのですが、12年間、使った事例がありません。今となっては、旧式な技術の代表のような技術で、せっかく腕を磨いたのに、誰にも「ガラス板磨きのコツ」その他もろもろを伝授する機会があろうはずもありません。今回の引っ越しで、またY大学に持ってくるべきかどうか、別の実験に使えるのかどうか、私もF先生に聴いて教えてもらわなくてはなりません。

また、「現在の私の仕事に関してだけ述べれば、ちょこちょこと即戦的に配列確認しながら進めるような仕事がほとんど無く、310がコスト面から絶対有利な状況にありません。大体は待期的にある程度まとめて塩基配列を決めればよいような仕事がときどき(年に数回程度)あるだけです。よって、共用の3100があればコスト面も含めて不足はないと思います。」 と書いたように、現在、抗原候補を見つけると、すでに市販で対応するcDNAを売っているのでそれを購入して使うことが多く、気合いを入れてのめり込む遺伝子以外は自分でPCRで得る、ということも無くなってしまいました。なので、ほとんど塩基配列を読んでいません。前回頑張ったのは、今の、プロテインGのIg結合部位の溶連菌からのPCRクローニングで、すでに2年前です。このような場合には、一度に多くのPCR産物の配列を読みますので、器械は3100でぴったりです。310が要らないと考えた所以です。

それでは、良い年末・お正月をお迎えください。来年、いっしょにまた仕事できるのを楽しみにしております。
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以上、スラブゲル電気泳動による塩基配列決定実験、2010年12月27日付け記事より再掲

 

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仕事椅子の選択

 
2010年12月7日

余談ですが、自分用のぴったりしたサイズで落ち着ける仕事椅子は、この際、良いものを購入すると良いと思います。ちなみに私はこの12年間リープチェア。S大就任の際にお給料で買いました。今回は、同じリープチェアのひとサイズ小さい私にぴったりしたものにするか、アーロンチェアにするか、楽しんで考えています。この二つは座面を低めに調整できるのでディスカッションなどの時にも落ち着くはずです。最近はありがたいことに円高、かつ、ル・コルビジェなどの歴史的デザインの著作権が切れてきて、建築家のすばらしいデザイン椅子が比較的安価に購入できる時代となりました。学生と同じような事務椅子だけでは味気ないかもしれません。そこで、すこし贅沢な椅子選び、こんな趣味も楽しいですよ。

ただし、趣味は自分のお給料から。しかし一方で私も今回はるばると引っ越しなので、倹約も心がけたいと思い始めています。悩ましいところですが、こと椅子に関しては、自分のお尻と腰がすぐに答えを教えてくれると思います。自転車のサドル選択の時にも感じましたが、わたしの頭脳などよりもずっと贅沢な選択をしがちなので困ったものです。

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2010年12月7日付け
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スリックタイヤのパンク

2010年11月25日

朝の出勤のため自転車を玄関に持ち出した折りに、後輪がペシャンコなのに気づいた。昨日たまたま自転車を部屋まで持って上がり、ハンドルまわりを片付けたり、サドルを付け替えたり、どろんこ汚れを掃除したり、簡易のフェンダーを取り付けたり、といった作業を行った。その折りに後ろタイヤにガラスの様なトゲがいくつも刺さっているのを見つけた。目で見て、取り除けられるものは丁寧に取り除いたつもりだった。が、今朝はすっかり空気が抜けていたのである。

出勤は少し遅れてしまうが、チューブの交換をすることにした。とりだしたチューブに空気を入れてみても、耳を当てただけではどこに穴が開いているかわからなかった。そこで、洗面所で水を溜めてチューブを突っ込み、チューブからの泡で傷口を同定。昨夜はタイヤに複数のトゲが刺さっていたことでもあり、調べて見たところ、タイヤにも該当する箇所に一致して鋭い傷があり、内側まで貫通しているガラスの様なトゲが刺さったままであった。外側は先端が折れて見づらくなっていた。昨日は抜き損ねたのだ。トゲは石英の小石のような質感であったが、恐らく車道の路肩を通行中に拾ってしまったガラスの破片であろう。昨夜の帰途に、破片が散らばっている場所を運悪く通過してしまったのであろう。前輪も心配ではあるが、今回ははっきりしたトゲは見つからなかった。

26インチのハードテイル・マウンテンバイクのタイヤを1.95インチのブロックタイヤから1.25インチのスリックタイヤに交換したのが、9月のことだ。それから2か月余りで700kmほど走行しただけなのに、すでに2度目のパンク。ブロックタイヤは3シーズン5000kmも乗ってきたのに一度もパンクを経験しなかったことを考えると、スリックタイヤはパンクの原因を拾いやすいものだと実感した。

通勤はほぼ完全に舗装道路のため、ブロックタイヤはオーバースペックである。が、パンクしにくいという点では大きなメリットがあることがわかった。5000kmも乗って、さすがに後輪のタイヤの中央はすり減ってきたものの、前輪のタイヤはまだまだ3000kmぐらいは平気で乗れそうである。

もちろんスリックタイヤのおかげで走行が若干軽快であるのは嬉しいことである。1.25インチ(32mm)はかなり太めのタイヤに見える。よって安定感はある。実際、段差の乗り越えや道路の亀裂などに関しては、スリックタイヤ1.25インチでも、危険を感じたことはなく、全く問題なくて700kmを乗ってこれた。

これがロードバイクの23から25mmのタイヤだと、段差の乗り越えや格子の蓋(縦溝)の通過は、少し心配。ただし、今のところ私のロードバイクは2500kmの走行で一度もパンクを経験していない。ビギナーズラックに過ぎないかもしれないが。現にL氏のクロスバイク(700cx28タイヤ)のチューブは、走行距離が少ないのに、すでに3回も交換している。

パンクへの対処はチューブ交換の手際が良くなったせいでずいぶんと簡単に行えるようになった。さらにもう一度空気が抜けてしまう危険があると考え、今朝は、ポケットに換えのチューブとタイヤレバーセットを入れて、家を出た。特に問題なく11.5kmの道のりを終え、職場で仕事を開始。職場に着いてからわかったのだが、今朝はせっかくチューブやレバーを持参したのに、空気入れを持ってくるのを忘れていることに気づいた。これではいざというときに頼りなく、持参品も用をなさない。セットにして常時持ち歩くものを決めておくことが大切だろう。

それともスリックタイヤをやめてブロックタイヤに回帰して余分な修理セットを持ち歩かない方が潔いか? それとも、ブロックタイヤでもやっぱりパンク交換ぐらいのセットは常時持ち歩くべきか、スタイルのある選択をしてゆきたいところである。

 

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2010年11月25日付けのWEBページより再掲

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卒業研究の指導

 

卒業研究の指導の気の持ちよう
2010年11月24日

早速のお返事、ありがとうございます。それでは、学生がにぎやかすぎて苦しい(やかましい!と叫びたくなるような)ことも多いかもしれませんが、最初の一年は内部指導の人数を多く、でお願いします。名簿でご覧のように、女性が元気よく、男性は少なく、また総体的におとなしい頼りなげな男性が多いような印象です。次第にたくましく(あるいは、よりやさしく繊細な方向に)成長してくれると期待して育てましょう。ご覚悟のほど、よろしくお願いいたします。

ヘルペスウイルスのプロジェクトそれぞれ数名に加えて、さらに、イミュノトキシンiToxのスクリーニングの系の指導も複数名よろしくお願いいたします。iToxの系自体は現在すでに非常にうまく進んでおり、ほぼ完成形です。このままコンスタントに頑張れば良いものに巡り会うに違いないと確信しています。それを証明できるような結果が重なってきており、有望です。企業とも協力して臨床医薬へと進められる即戦力になると思います。ただし、企業は非常に渋い。多くは期待できません。

実験系の具体について詳しくは、来年3月に、札幌で詳しく説明・相談しましょう。できるだけゆとりをもって来ていただき、Yさんとゆっくり実技を一緒にやってもらえると良いと思います。Hさんも楽しみにしてくれていると思います。

イミュノトキシンiToxのスクリーニングの系は、非常にシンプルな実験系で、私の好みです。最近、肺癌皮下腫瘍に対し、抗体iToxの全身投与(ip)治療の系で、vivoでの著明な効果も示すことに成功し、私がかねてより期待していたとおり優れたものであることが明らかになってきました。

上記の系とは別に、前人未踏の新しい標的スクリーニングの方法の開発もいろいろアイデア(まだ具体的には2つだけ)を温めていますが、これらは、来年、ゆっくりと相談した上で、基礎実験なども重ねないと軌道に乗るものにはならないでしょう。それにしても、机上の空論かもしれないけれど、トライしてみたいものがあるというのは、楽しみなものですね。また、ゆっくり相談しましょう。

なお、学生も4年生ぐらいでは、まだ非常に幼い感じで、1を聞いて2も3もを悟るというわけにはなかなかいかないと思います。1を10相当分ぐらい易しく詳しく説明して、あわよくば良く聴いてもらって、しかも0.25ぐらいを悟ってもらえれば良い、ぐらいの大らかな気持ちで接したいところです。そんなわけで、最初の一年は、きわめて理解しやすく非常にシンプルな仕事から入って、少しずつ好きになって、少しずつ自分でもわかってきた・それが嬉しい、というような指導(というかこちらの気持ちの持ちよう)でお願いします。修士に進みたい、自分に適性があれば博士に進んで研究者になることを夢見ている、という女子学生も複数名いますので、あせらずにゆっくり進められれば将来につながる希望は大きいと考えています。

 

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卒業研究の指導の気の持ちよう  2010年11月24日付けWEBページより再掲

 

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卒業研究配属

 

卒業研究の配属学生のメンバーが決定

 

2010年11月19日

 

今週時点で、来年4月からの卒業研究の配属学生のメンバーが決定しました。まずまずの人気で、定員を一名オーバーの13名を引き受けることにしました。(くじ引きで一人を落とすのがかわいそうだということで希望者全員を受け入れることになりました。) 中には修士で頑張って、できれば博士に進んで研究職に就きたい、という希望の方も複数いらっしゃり、明るい兆しが見えそうです。ゆっくりと大切に育てたいと思います。

一方で、卒研生の外部派遣も積極的に行ってゆきたいと思います。すでに昨日、GセンターのA先生(膵癌や骨肉腫の治療)に一人あずかって指導していただける可能性についてお伺いし、ご快諾いただいております。ほかにT大**研の先生方にもお願いしたいと考えております。

さて、ヒアリングの件、聴衆をひたすらうならせるというよりも、これから特に仲良く協力し合ってゆくことになる教授の先生たちに親しみを持っていただけるような初対面のご挨拶という感じの味付けでお願いします。特に、学部の学生の教育、修士の学生の教育に関しては、まだまだ発展途上の学生たち、必ずしも特別に優秀で準完成品的状況でない場合もあることへの配慮も必要です。それぞれの学生の現状での能力・志向・将来性に合わせながらも、先生ご自身の研究や資質を大いに高めていけるような、教育の場になれば理想だと思います。

 

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以上、2010年11月19日頃のメールより

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