2022年9月9日 金曜日 晴れ（9月に入ってライグラス・オーチャードグラス・アルファルファなどのタネ蒔き・・以後、ここ数日は強い陽射し。タネが焼き付いて死んでしまいそう。今日はスピードスプレイヤー7時から14時まで1500リットル。最後に給油。午後、商品の発送業務。夕方は建物周囲の草刈り〜18時半まで。ディーゼルエンジンや2サイクルエンジンと長時間の付き合い・・喧しくもあり、指の節々が痛む。私にとってはきつい仕事だ。）
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https://www.pnas.org/doi/10.1073/pnas.2202769119
Overlooked Details
Special concerns surround the presence of an unusual furin cleavage site (FCS) in SARS-CoV-2 (10) that augments the pathogenicity and transmissibility of the virus relative to related viruses like SARS-CoV-1 (11, 12). SARS-CoV-2 is, to date, the only identified member of the subgenus sarbecovirus that contains an FCS, although these are present in other coronaviruses (13, 14). A portion of the sequence of the spike protein of some of these viruses is illustrated in the alignment shown in Fig. 1, illustrating the unusual nature of the FCS and its apparent insertion in SARS-CoV-2 (15). From the first weeks after the genome sequence of SARS-CoV-2 became available, researchers have commented on the unexpected presence of the FCS within SARS-CoV-2—the implication being that SARS-CoV-2 might be a product of laboratory manipulation. In a review piece arguing against this possibility, it was asserted that the amino acid sequence of the FCS in SARS-CoV-2 is an unusual, nonstandard sequence for an FCS and that nobody in a laboratory would design such a novel FCS (13).
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In fact, the assertion that the FCS in SARS-CoV-2 has an unusual, nonstandard amino acid sequence is false. The amino acid sequence of the FCS in SARS-CoV-2 also exists in the human ENaC α subunit (16), where it is known to be functional and has been extensively studied (17, 18). The FCS of human ENaC α has the amino acid sequence RRAR’SVAS (Fig. 2), an eight–amino-acid sequence that is perfectly identical with the FCS of SARS-CoV-2 (16). ENaC is an epithelial sodium channel, expressed on the apical surface of epithelial cells in the kidney, colon, and airways (19, 20), that plays a critical role in controlling fluid exchange. The ENaC α subunit has a functional FCS (17, 18) that is essential for ion channel function (19) and has been characterized in a variety of species. The FCS sequence of human ENaC α (20) is identical in chimpanzee, bonobo, orangutan, and gorilla (SI Appendix, Fig. 1), but diverges in all other species, even primates, except one. (The one non-human non-great ape species with the same sequence is Pipistrellus kuhlii, a bat species found in Europe and Western Asia; other bat species, including Rhinolophus ferrumequinem, have a different FCS sequence in ENaC α [RKAR‘SAAS]).
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補註220912： よく知られているヒトのENAc-αのフリン切断サイト （P)-RRAR-SVAS 配列を拝借して、RaTG13やBANAL云々などの元ウイルスの配列に（P)-RRA-の4アミノ酸（＝12base）の挿入変異を入れるだけで、（P)-RRAR-SVASというフリンで良く切れる変異タンパク分子に改変できるというわけである。これなら遺伝子工学手技の初心者でも3日〜2週間の工程で作れる。こんなことは本当に容易。（安全な役立つ遺伝子治療ベクターを作るのは本当に難しいことなのだけれど・・）
一方で、RaTG13やBANAL-20-52云々などと祖先を同じくするウイルスがこの配列を「（自然界であろうが実験室であろうが）自然に感染を繰り返す」ことで、つまり、細胞から細胞へ、動物個体（ヒトや蝙蝠などの動物）から個体への感染を繰り返すことで、獲得することは極めて難しい。たとえ偶然、奇跡的にENAc-αのフリン切断サイトと同一の（＝アイデンティカルな）フリン切断サイトを獲得できたとしても、多くの増殖サイクル世代を経たウイルスでは、フリン切断サイトを挟むタンパクの両方（N末側とC末側）の塩基配列に（経てきた増殖世代に相当するだけの）中立的変異が入ってしまう（分子進化の中立説；木村資生氏による。遺伝学のセントラルドグマのひとつ）。 ところが、CoV-2 S1/S2 にはフリン切断サイトの4アミノ酸配列を除いて他の中立的な変異が皆無である・・これが自然に起こることは・・確率を天文学的な数字をもって表現するとしても、こんなことは本当に稀です。（補註終わり220912追記）
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220912追記 Covid/FCS の関連記事として・・
by Paul Craig Roberts
読者へ：ジェフリー・サックスが医学雑誌「ランセット」のために行った新型コロナウイルスの起源に関する調査を報じているこのルー・ロックウェルの記事は極めて重要である。このウイルスは人工のものであり、バイオテクノロジー研究所で作られている危険な病原体の氷山の一角に過ぎない。このような研究は犯罪的な狂気の一形態であり、秘密にされている。立法機関も知らないし、何が行われているのか、病原体がどのように使われるのかについての説明責任もない。この状況は我々全員にとって想像を絶するほど危険である。リスクは大きく、全く無駄なものだ。核兵器とは異なりバイオテクノロジーによる危険極まりない病原体が作られていることは、認識されていないし、管理もされていない。堕落した科学者たちは神を演じて、我々の健康と生命をもてあそんでいる。
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始まりは、国立衛生研究所（NIH）がウイルス学者のグループと最初に電話をした2020年2月1日からと言えるだろう。「なんてこった、これは奇妙だ、実験室で作られたものかもしれない。あのフリン切断部位はここで何をしているのだろう？」とウイルス学者たちは言った。なぜなら科学者たちはそれが現在進行中の活発な研究プログラムの一部であることを知っていたからだ。（上記サイトから引用。飜訳はトッテンさん＝賀茂川耕助さん）
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サックス教授は米国の政治家やマスコミのエリートたちと決別し、勇気を持ってこの感染症の起源について自分の考えを話し始めたのである。
5月には、権威ある米国科学アカデミー紀要（PNAS）に掲載された主要論文の共著者として、新型コロナウイルスが生物工学によって作られた自然ではなく実験室の産物であるという非常に強い証拠を指摘し、その真の出所について独自の調査を行うよう呼びかけた{2}。
https://www.pnas.org/doi/10.1073/pnas.2202769119
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